小肽是蛋白质在胃肠道消化时的终产物中的主要组分之一，在蛋白质营养中具有重要作用。研究表明小肽可直接被肠道吸收进入循环系统，这也是体内蛋白质吸收的主要形式。

提高水产动物消化酶活力，促进消化吸收

水产动物消化道分化简单，且消化道较短，酶数量亦较少，肠壁转运氨基酸的载体数量不足，供能状态和消化功能较差。饲料中添加小肽制品可提高消化酶的活力，从而促进营养物质的消化吸收。
提高水产动物对矿物质元素的吸收利用率
小肽具有与金属元素结合的特性，它与金属元素生成整合物，促进钙、铜、锌等金属元素的被动转运及在体内的储存，加速小肽和矿物元素的吸收。如酪蛋白磷酸肽(CPP)，含有成簇磷酸丝氨酸的小肽，在动物小肠内能与钙结合而阻止磷酸钙沉淀的形成，使肠道内溶解钙的量大大增加，从而促进钙的吸收和利用。